（由于有些读者没玩过深海迷航，不知道剧情流程，所以我就在网上找了剧情，我还稍微改了一下，因为他有些是说错的。）
数百年前，一个名为先驱者的文明降临这颗被人类称为4546B的行星。他们发现在这颗行星上存在着一种危险的亲水病毒——卡拉病毒。
他们决定留在星球上研究这种病毒，治疗感染生物，防止疾病传播。在行星上设立了疾病研究中心、免疫执法平台和先驱者主设施基地（海皇监狱），由位于熔岩区的热力发电站供能。先驱者偶然发现了一种名为海皇的利维坦级生物天生免疫卡拉病毒。便抓住了一只海皇利维坦关在主设施中研究。先驱者发现海皇利维坦能够分泌一种治疗卡拉病毒感染生物并使其免疫卡拉病毒的酶——42号酶。
但是成年海皇分泌的42号酶活性不强，只能缓解卡拉病毒的症状并不能完全治愈。便想要孵化海皇利维坦的蛋，用小海皇做实验。
此时，一只海龙利维坦袭击了疾病研究中心，先驱者紧急疏散，杀死了所有研究样本。疾病研究中心沉没于失落之河深处。同时，卡拉病毒外泄，疾病爆发。
先驱者宣布卡拉病毒疫苗研究失败，所有人员立即撤离星球，封锁行星，启动免疫执法平台，击毁一切试图飞入或飞出大气层的物体。启动免疫自主执法单位（裂空者），杀死一切感染卡拉病毒的生物。
很久很久以后，一艘来自地球的小型货舰——德加斯号途径4546B行星，被免疫执法平台击落。只有舰长及其儿子还有一名随舰雇佣兵玛丽活了下来，他们在这个星球上坚强求生了数十年。舰长最后迷失大海不知所踪，玛丽乘坐的海蛾号被一只死神利维坦击毁，只剩下舰长的儿子独自生活，他发现自己感染了一种病毒，就是卡拉病毒。他便开始四处探索寻找治疗的方法，但最后还是病死了，这在游戏的cg中有体现。
又过了几十年，一艘来自阿尔特拉（地球）反式政府的旗舰级战舰——极光号，来到4546B星球，它的任务是在这个星系搭建公共相位门，但极光号还有一个秘密任务——那就是前往4546B行星探寻当年德加斯号坠毁的真相，如果有可能的话拯救幸存者。而我们的主角便是极光号的一名船员。
极光号也很荣幸的被执法平台击落，坠毁在这个水世界上。我们的主角很幸运的得到了5号逃生舱，唯一一个完好无缺的降落在海面上的逃生舱。
德加斯号飞船在试图探索4546B号星球时被执法平台击毁，三名成员幸存下来，也就是前文所说的：船长保罗，他的儿子巴特以及雇佣兵玛格丽塔。他们在星球上一共建立了三个基地，只不过后来团灭了，但你在游戏里都可以造访。
在游戏中会接收到大量来自其他逃生舱的无线电讯号，不过大部分都没能幸存下来。留在船上的船长在扫描到了附近的陆地，并且命令19号逃生舱里的副官金设法让幸存者在岛上集合，因此玩家接到了金的无线电。随后在极光号爆炸中船长身亡。而到岛上会合的只有两个人，金和玉。玉试图去主动去寻找更多幸存者，而金在阻止未果后，和她一同出发去寻找，两个小时后他通过紧急通信更新了留在岛上的PDA的留言，表明他和玉已迷失于茫茫大海，无法幸存，并透露救援资料在最后时刻被发到极光号上了，要幸存的人前去寻找。
随后主角接到了另外一艘飞船，阳光号前来救援的信息，然而等待他的，却是目睹了阳光号被外星人大炮（免疫执行平台）击毁。随后主角去探索了这个设施，在试图关闭的时候发现只有没有被感染的人才能关闭设施，而自己也被感染了。此时，海皇利维坦通过感应知道了主角的存在，并问：“你是谁？”。为了解除病毒，通过设施里的资料，主角找到了失落之河里被毁的疾病研究中心，得知治愈的希望——海皇利维坦被关押在深处的监狱。
随后主角前往熔岩区，在热力发电站拿到了蓝色钥匙后，海皇利维坦召唤主角前往深处的海皇监狱，在主角答应并成功制作出孵化酶，令五只海皇宝宝成功孵化而得以延续自己的种族，海皇利维坦同主角道谢，并坦然接受了自己的死亡，主角也利用海皇宝宝身上的活性酶解除了自己身上的病毒。在同一时刻，主角接收到了救援队的无线电，他们已将火箭的蓝图发射到了极光号船长室里，并给了船长室的密码，让各位幸存者自行逃脱星球。
最后主角通过船长室的火箭蓝图，成功制造出了火箭将自己送了出去。
（这就是剧情了，至于德加斯号的三人，我在游戏里没有收集到足够的PDA，只有一些支离破碎的故事，网上倒是全，大家可以去网上看，另外游戏内主角是徒手抗压1500米水压的猛人，突然上浮几百米都不会有潜水症的狠人，为了还原游戏剧情，我就把潜水症和水压忽略了吧，而且剧情中水普遍较深，不能以现实去衡量，所以我就用游戏里的数据好了。）
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